На заседании 22 мая 2006 г. продолжился допрос свидетелей обвинения. Выступили бывший советник «ЮКОСа» Геннадий Пискарев, бывший сотрудник службы безопасности нефтяной компании Михаил Балушкин, а также бывшие коллеги предпринимателя Евгения Рыбина. Последний, напомним, ранее дал на суде показания, что в 1998 и 1999 г.г. на его жизнь дважды покушались.
16 мая 2006 г. в Мосгорсуде начались слушания по существу второго уголовного дела Алексея Пичугина.
3 апреля 2006 г. в Мосгорсуде состоялось первое, предварительное, заседание по новому делу Алексея Пичугина. На скамье подсудимых еще пятеро человек: Владимир Шапиро, Геннадий Цигельник, Евгений Решетников, Михаил Овсянников и Владислав Левин (все, за исключением Владислава Левина, проходящего по отдельному эпизоду, – члены «преступной группы», якобы организованной Алексеем Пичугиным и Леонидом Невзлиным). 
Первым заместителем Генерального прокурора России Юрием Бирюковым утверждено обвинительное заключение и направлено в Мосгорсуд уголовное дело в отношении начальника четвертого отдела внутренней и экономической безопасности нефтяной компании ЮКОС Алексея Пичугина, а также Владимира Шапиро, Геннадия Цигельника, Евгения Решетникова, Михаила Овсянникова и Владислава Левина.
Текст поздравительной телеграммы: 
Елена БОННЭР, Михаил ДЕЛЯГИН, Юрий СКУРАТОВ, Лев ПОНОМАРЕВ, Юрий ЛЕВАДА и другие эксперты считают дело и приговор Алексею Пичугина «политическими».
14 июля 2005 года Верховный суд РФ отказал в удовлетворении кассационной жалобы адвокатов Алексея Пичугина, просивших отменить приговор в связи с 
13 мая 2005 года Верховный суд РФ отклонил жалобу адвокатов сотрудника службы безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина на продление срока его содержания под стражей.
14 апреля Генеральная прокуратура России предъявила новые обвинения сотруднику НК ЮКОС Алексею Пичугину. Его обвинили в организации еще одного убийства и двух покушений. Заказчиком преступлений был назван крупнейший акционер ЮКОСа Леонид Невзлин.
